Las salas permanentes poseen un circuito organizado en forma cronológica y cultural. Este circuito refleja, con apoyo de lecturas, la dinámica de las culturas prehistóricas desde los cazadores y recolectores hasta la llegada de los conquistadores europeos. El visitante descubre la historia del Valle Calchaquí que comienza hace diez mil años aproximadamente.

Las etapas

Cazadores y recolectores (hace diez mil años). Período Formativo o de las Primeras Aldeas (500 ac. - 500 dc.).

Cerámicas, pulidos de piedras, estilos período formativo tardío, donde ya se nota la influencia del Tiahuanaco, de Bolivia. Es todo un horizonte que se extiende al Norte de Chile, Noroeste Argentino, es una sociedad muy guerrera.

Períodos tardíos o desarrollos regionales (900 al 1200) centros urbanos con una diferenciación de clases, con una economía propia. Así surgen las guerras entre los distintos o señoríos (dominantes de territorios) provocadas por la búsqueda de tierras fértiles.

Antes de las conquistas se registran indicios de la venida de los Incas. Es un imperio formado en Cuzco y tiene una expansión, con móviles imperiales dominantes en búsqueda de nuevas producciones, productos e intercambios.

Finalmente se muestra la llegada de las conquistas. Se hallan cuentas de indígenas de malaquitas o turquesa juntos con cuentas de vidrio veneciano. Exiten cambios de razgos en las cerámicas, y en vasijas que se llaman pie de compoteras, que denotan una influencia europea.

Otro indicio de la llegada de esta etapa, es la forma de entierro de los cadáveres indígenas. Los entierros tradicionales indígenas se realizan en posición de cuclillas, flexionadas, siempre mirando al este. Luego vemos las influencias europeas en los entierros yacentes.